Song song với việc ứng dụng nhiều kỹ thuật mới, kỹ thuật chuyên sâu, các đơn vị ngành y tế Hà Nội tích cực nghiên cứu khoa học để nâng cao chất lượng khám chữa bệnh cho người dân.
18 đơn vị trong toàn ngành đã thực hiện 84 sáng kiến, đề tài nghiên cứu khoa học. Cụ thể, Bệnh viện đa khoa Xanh Pôn (15); Bệnh viện đa khoa Hà Đông (12); Bệnh viện đa khoa huyện Ba Vì (10); Bệnh viện Mắt Hà Nội (9); Bệnh viện Phụ sản Hà Nội (7); Bệnh viện đa khoa Đông Anh (6); Bệnh viện đa khoa Vân Đình (4); Bệnh viện đa khoa Hòe Nhai (4); Bệnh viện đa khoa Đống Đa (3); Bệnh viện đa khoa huyện Mỹ Đức (3); Bệnh viện Tim Hà Nội (3); Bệnh viện đa khoa huyện Gia Lâm (2). Các đơn vị Bệnh viện đa khoa Sơn Tây; Bệnh viện đa khoa Y học cổ truyền Hà Nội; Bệnh viện Ung bướu Hà Nội; Bệnh viện 09; Trung tâm Chăm sóc và Phục hồi chức năng người tâm thần số 2 Hà Nội; Phòng BHYT và CNTT, cơ quan Sở Y tế, mỗi đơn vị có một đề tài, sáng kiến.
Trong số 84 sáng kiến, đề tài nghiên cứu khoa học có 4 đề tài (3 đề tài cấp thành phố, 1 đề tài cấp bộ) đã được nghiệm thu và được đề nghị Hội đồng Sáng kiến thành phố Hà Nội xét đặc cách, công nhận hiệu quả áp dụng và phạm vi nhân rộng của đề tài khoa học cấp thành phố đợt 2/2025.
Các đề tài nghiên cứu cấp thành phố đã được nghiệm thu là "Thực trạng và một số yếu tố ảnh hưởng đến dậy thì sớm của trẻ em thành phố Hà Nội" của Bệnh viện đa khoa Xanh Pôn; "Đánh giá sự biến động nồng độ Anti SARS-CoV-2 IgG ở bệnh nhân Covid-19 và người đã tiêm phòng vắc xin, ứng dụng trong dự phòng và điều trị Covid-19" của Bệnh viện đa khoa Sơn Tây; "Nghiên cứu sự biến đổi hình thái và chức năng tim bằng siêu âm tim ở bệnh nhân ung thư vú điều trị hóa chất bổ trợ phác đồ AC-TH tại Hà Nội" của Bệnh viện đa khoa Y học cổ truyền Hà Nội
Đề tài cấp Bộ Y tế của Bệnh viện 09 đã được nghiệm thu là "Nghiên cứu chế tạo kháng nguyên TES tái tổ hợp và ứng dụng chế tạo sinh phẩm ELISA phát hiện kháng thể IgG kháng ấu trùng gây bệnh giun đũa chó mèo ở người (Toxocariasis)".
Trước đó, vào ngày 24/1/2025, Sở Y tế Hà Nội cũng đã có tờ trình gửi Sở Khoa học và Công nghệ Hà Nội (Cơ quan thường trực Hội đồng Sáng kiến thành phố Hà Nội) đề nghị xét đặc cách, công nhận hiệu quả áp dụng, phạm vi ảnh hưởng của đề tài khoa học cấp thành phố đợt 1 đối với đề tài "Đánh giá biểu hiện gen của các enzyme tiêu protein gian bào (Matrix metalloproteinnase: MMP) và một số yếu tố liên quan với tiền sản giật ở thai phụ tại Hà Nội. Đề tài nghiên cứu do Bệnh viện Phụ sản Hà Nội thực hiện và đã được nghiệm thu, công nhận vào tháng 8/2024.